叛乱给雄心勃勃的仁宗和新政核心集团浇了一盆冷水，迫使其进行深刻反思。

在叛乱善后会议和后续朝议中，仁宗多次提及“新政本意为利国利民，然推行之中，若有操切，反成扰民”，承认在某些地区、某些政策上存在“用力过猛，考察不周”的问题。

基于反思，朝廷对新政推行策略进行了重要调整：

1. 速度上的“缓急有序”：宣布全国性改革的大方向不变，但允许各地根据实际情况“分期分批，循序渐进”，不再设定统一的、激进的时间表。

对偏远、贫困、民族地区，给予更长的过渡期和更灵活的政策。

2. 方式上的“刚柔并济”：强调“宣导教化”与“强制执行”相结合。

加大对新政意义的宣传解释，通过官报、白话告示、乡约宣讲等方式，争取士绅和民众的理解。

对明显违法抗命者则依法惩处，但注意区别对待，争取大多数。

3. 内容上的“民生优先”：将改革重心更多向与民生直接相关的领域倾斜。

如加大水利、荒政投入，稳定粮价；在推行实业时，更注重保护小农和手工业者的基本生计，提供转产培训或小额信贷；在劳资关系上，敦促厂矿执行《工矿章程》，缓解矛盾。

4. 吏治上的“严惩与选贤”：严厉追究在叛乱中暴露出的贪腐、颟顸、推行新政粗暴的地方官员，撤换一大批。

同时，加大从新式学堂毕业生、留学归国人员、以及有基层实干经验的官员中选拔人才，充实地方，改善行政效率和对新政的理解。

5. 对待反对派的“分化与吸纳”：对保守派不再一味硬顶，而是注意分化。