毛文龙屡上言辞无礼之奏章，甚至说在登州取南京易如反掌（三当斩）。

每年饷银几十万，不发给士兵，每月只散发三斗半米，侵占军粮（四当斩）。

擅自在皮岛开设马市，私自和海外商人来往（五当斩）。

部将几千人都改姓毛，副将以下都随意发给布帛上千匹，走卒、轿夫都穿着品官官服和袍带（六当斩）。

从宁远返回途中，劫掠商人洪秀、方奉等，亲自干盗贼勾当（七当斩）。

强娶民间女子，目无法纪，部下效仿（八当斩）。

驱使辽东难民到后金与朝鲜交界地带偷挖人参，不听从的就被饿死，岛上白骨累累（九当斩）。

用车送金子到京师，拜魏忠贤为父，并在岛上供奉他穿着冕服的画像（十当斩）。

丁卯之役中败于铁山，丧师不计其数，却掩败为功（十一当斩）。

开东江镇八年，不能收复一寸土地，坐地观望，姑息养敌（十二当斩）。

这十二当斩中，可能只有认魏忠贤为父是真的了，其他的则都是莫须有的。

就说第八当斩，说他不能收复一寸土地，可是真实情况呢？毛文龙以其非凡的军事才能，深入敌后，成功收复了长山岛叀⒐懵沟旱仁У亍

再说他贪污受贿，毛文龙在位期间，清正廉洁，不蓄私产，即使身为朝廷一品大员，也没有私藏财富，这在他所处的时代背景下尤为难得，可是这样的人却要被冠上这等污名，也是无可奈何的事情了。

以朱威的想法来看，袁崇焕杀毛文龙明显的弊大于利，利则是袁崇焕能够杀鸡儆猴，快速的集结辽东力量，与女真对抗，可是弊端更加明显，那就是毛文龙一死，整个辽东由毛文龙费劲维持多年的平衡直接被打乱，让大明得不偿失。